WebApplication編程模型的優點：

●網站編譯速度快，使用了增量編譯模式，僅僅只有文件被修改后，這部分才會被增量編譯進去。
●生成的程序集
WebSite：生成隨機的程序集名，需要通過插件WebDeployment才可以生成單一程序集
WebApplication：可以指定網站項目生成單一程序集，因為是獨立的程序集，所以和其他項目一樣可以指定應用程序集的名字、版本、輸出位置等信息
●可以將網站拆分成多個項目以方便管理
●可以從項目中和源代碼管理中排除一個文件
●支持VSTS的Team Build方便每日構建
●更強大的代碼檢查功能，并且檢查策略受源代碼控制
●可以對編譯前后進行自己規定的處理
●對App_GlobalResources 的Resource強類支持（網上說的，還沒有了解過）
●直接升級使用VS2003構建的大型系統

WebSite編程模型的優點：
●動態編譯該頁面，馬上可以看到效果，不用編譯整個站點（主要優勢）
●同上，可以使錯誤的部分和使用的部分不相干擾（可以要求只有編譯通過才能簽入）
●可以每個頁面生成一個程序集（不會采用這種方式）
●可以把一個目錄當做一個Web應用來處理，直接復制文件就可以發布，不需要項目文件（無所謂，只適合小站點）
●可以把頁面也編譯到程序集中（應該用不到，而且WebApplication也可以通過WebDeployment插件來實現）

兩種編程模型的互相轉換：
VS2005 SP1內置了轉換程序，可以非常方便的從WebSite轉換到WebApplication
只需要復制文件，右鍵執行“轉換為Web應用程序”即可。
未查到有專門的反向轉換工具，但比較后發現如果轉換也非常簡單。

刪除所有×.designer.cs
將×.aspx、×.ascx、×.master頁面文件中的 Codebehind="FileList.aspx.cs" 批量替換成 CodeFile="FileList.aspx.cs"

不同點還有:

直接建立網站，沒有命名空間，有幾個特殊文件夾如App_code文件夾不能直接在網站項目里建立，但可以手動添加然后包含到項目里面來。

直接建立的網站解決方案不在網站的目錄下,而是在vs默認的目錄,一般是在我的文檔中的vs目錄下的project中,可以手動拷貝過來

要使用WebApplication程序 我們需要安裝 Visual Studio 2005 Team Suite CHS 補丁這樣才能把網站項目轉換成為Web應用程序.

web程序同一般的程序有些不一樣，vs不必為它們建立工程（project）文件，所以也可以稱為無工程開發（projectless development），目的是可以保證站點的目錄清晰，不亂，有助于web程序最后的配置，可以完全將整個的目錄簡單的拷貝即可，因為沒有多余的文件。同時，無工程開發可以方便團隊開發，因為各自的開發文件不需要同步。在vs中同樣還有基于工程的web開發，可以稱為web工程（web projects），實際是這是以前的開發模式，存在的目的，

一是可能需要遷移以前開發的web工程到vs2005下，

二是有時需要在一個站點中包括多個工程，

三是web工程可以靈活的處理站點的資源文件，比如大量的圖片，在開發時，可以不包含到工程中，四是如果使用MSBuild工具，則必須使用工程文件